中國經濟體制改革在1993年開始進入市場經濟階段，市場機制與之相對應的，金融體制也進入深化改革階段。資本市場進一步發展，建立銀行同業拆借市場、國庫券交易市場，市場機制發展票據貼現市場；發展企業債券發行、交易市場；建立發展股票發行、市場機制交易市場；進一步拓寬銀行信貸發展領域；積極發展保險業務。

在這一階段，科技金融發展的主要特征就是市場配置科技金融資源機制的建立和發展。這一階段以1998年“火炬計劃”的實施為開端，在“火炬計劃”前，中國大多數科技計劃主要依靠國家財政撥款，屬于指令性計劃，其市場機制科研成果推廣轉化率往往較低。“火炬計劃”是中國第一個以市場機制為基礎的科技計劃，在此平臺上，風險投資、企業市場機制集合債券等科技金融創新工具得以順利誕生、發展。這一市場機制階段其他重要科技金融事件包括：中國第一個高新技術開發區誕生、“973”計劃實施、“211”工程實施等。科技貸款在這一時期也得到快速發展，1990年中國人民銀行正式設立科技開發貸款項目，市場機制科技貸款管理制度不斷完善，科技貸款工具逐步引入國家專項科技計劃。在國家“星火計劃”實施期間，銀行貸款提供資金供給比例達到37.3%，國家“火炬計劃”實施也充分利用銀行信貸資金為研發項目提供資金。