中国经济体制改革在1993年开始进入市场经济阶段，市场机制与之相对应的，金融体制也进入深化改革阶段。资本市场进一步发展，建立银行同业拆借市场、国库券交易市场，市场机制发展票据贴现市场；发展企业债券发行、交易市场；建立发展股票发行、市场机制交易市场；进一步拓宽银行信贷发展领域；积极发展保险业务。

在这一阶段，科技金融发展的主要特征就是市场配置科技金融资源机制的建立和发展。这一阶段以1998年“火炬计划”的实施为开端，在“火炬计划”前，中国大多数科技计划主要依靠国家财政拨款，属于指令性计划，其市场机制科研成果推广转化率往往较低。“火炬计划”是中国第一个以市场机制为基础的科技计划，在此平台上，风险投资、企业市场机制集合债券等科技金融创新工具得以顺利诞生、发展。这一市场机制阶段其他重要科技金融事件包括：中国第一个高新技术开发区诞生、“973”计划实施、“211”工程实施等。科技贷款在这一时期也得到快速发展，1990年中国人民银行正式设立科技开发贷款项目，市场机制科技贷款管理制度不断完善，科技贷款工具逐步引入国家专项科技计划。在国家“星火计划”实施期间，银行贷款提供资金供给比例达到37.3%，国家“火炬计划”实施也充分利用银行信贷资金为研发项目提供资金。