大米政策是日本农业政策中最重要的政策之一。1996年之前，日本政府通过行政手段对大米流通、日本农业政策销售许可、日本农业政策价格形成等进行直接控制和干预(24)。据测算，当时水稻生产者收入的60%来自这类“黄箱”政策。

在WTO谈判中，日本对于削弱本国农业保护的问题起初非常抵制，但考虑到国际社会和国内财政的压力，日本不得不调整国内支持政策。自1998年开始，日本开始实施“蓝箱”政策保护本国大米产业发展。近5年来，日本实施的“蓝箱”政策主要是“限产计划下对稻农的直接支付”。不过，日本农业政策日本“黄箱”转“蓝箱”不仅是考虑WTO规则，更是因为多年保护造成大米生产严重过剩，适当限制大米种植并没有触及大米保护的根本。2009—2012年，日本因债务危机大幅度削减涉农预算，然而此间日本农业政策对大米的国内支持年平均水平比2008年平均增长了50%；2012年的“蓝箱”政策支持为155.2亿日元，是2009年的7倍。日本大米市场在“蓝箱”政策的支持下严重扭曲。