2007年，国家把从农村退出的向商业银行转制的农业银行重新带回农村金融市场，并对其进行股份制商业银行改造。2009年，农业银行由独资商业银行改制为股份有限公司核心内容。在农业银行转制过程中，农业银行“三农金融事业部制”改革试点工作稳步推进。并农村金融改革分别于2010年和2011年新增8个和4个省份进行试点。2009年，农村金融改革《中国农业银行三农金融事业部制改革与监管指引》文件出台，这是农业银行“三农金融事业部制”改革的纲领性文件。此后，《中国农业银行股份有限公司三农金融部管理章程》《中国农业银行三农金融事业部制改革试点实施方案》《关于扩大中国农业银行“三农金融事业部”改革试点范围等有关事项的通知》等规范性文件陆续出台，农业银行“三农金融事业部”改革工作有序推进。

为了削弱邮政储蓄的“抽水机”功能，从2003年开始，通过利率调控等手段提高邮政储蓄服务“三农”的能力和水平。2007年，中国邮政储蓄银行正式挂牌成立，农村金融改革开展小额信贷业务。2012年，《关于细化中国邮政储蓄银行有限责任公司股份制改革实施方案的批复》对邮政储蓄银行的支农服务力度提出了明确要求，有力推动了邮政储蓄银行服务“三农”的力度。农村金融改革为了适应农村经济社会发展的需要，农业发展银行改革也随之推进，只是与其他农村金融机构相比，农业发展银行改革的节奏较慢、速度较缓。

事实上，从2006年开始，农业发展银行就已经着手改革，开展农业综合开发业务就是典型的改革样本。但业界认为，农业发展银行正式启动改革工作是2011年。农村金融改革特别是《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》明确提出“推进政策性金融机构改革”以来，农业发展银行改革提上日程。2014年，农村金融改革国务院常务会议审议通过《中国农业发展银行改革实施总体方案》，这标志着作为中国农村金融体系中最后一个改革的农业发展银行正式进入改革的快车道。