农村金融存量改革是农村正规金融组织适应农村金融市场需要而持续进行的帕累托改进，其目的农村金融现状是盘活农村金融资源存量，农村金融现状激活农村正规金融的资本活力，从而在服务“三农”与自我发展之间找到最优解。

为了更好地适应农村金融外部环境的变化，农村信用社及时调整了改革的方向和思路，从合作制转向以商业化为导引，以股份制为核心，农村金融现状以建立现代金融产权为目的的改革思路。新世纪以来的农村信用社改革思路早在2002年中央出台的《关于进一步加强金融监管，深化金融企业改革，促进金融业健康发展的若干意见》中就已初步形成，指出“农村信用社改革的重点是明确产权关系和管理责任”。2003年，以《国务院关于印发深化农村信用社改革试点方案的通知》为标志的，以“明晰产权关系，强化约束机制，增强服务功能，国家适当支持，地方政府负责”为总要求的农村信用社改革正式启动，决定在县联社的基础上成立省级联社。按照《方案》的要求，农村金融现状选择了吉林等8个省市作为农村信用社改革的试点单位。并在2004年的《关于进一步深化农村信用社改革试点的意见》中把试点单位覆盖到北京等21个省市。随着2006年海南省农村信用社改革试点正式启动，中国农村信用社改革具有了全国意义。

这一时期的农村金融改革主要有两个方面的特征。一方面，重新理顺了农村信用的归口关系，把农村信用社的管理权由中央银行系统转移到省级政府手中，农村金融现状成立省级联社，由省联社领导和管理基层农村信用社，由银监会和人民银行共同监管。另一方面，以深化农村信用合作社产权为核心，农村金融现状通过增资扩股等方式壮大信用社规模，因地制宜地选择股份制、股份合作制和合作制等多元产权形式，完善农村信用社的法人治理结构。随着2003年中国首家股份合作制银行——宁波鄞州农村合作银行诞生，中国农村信用社产权改革正式进入法人治理轨道。