对于应付利息和应收利息由于均是按面值和票面利率计算的，公司债券计算方法不存在差异，在合并抵销处理时没有特殊之处。进行合并抵销处理时，按公司债券公司债券面值和票面利率计算的应收、应付利息的金额，借记“应付利息”项目，贷记“应收利息”项目。

对于当期因该内部交易公司债券计算确认的实际利息费用（财务费用）与公司债券债权投资计算确认的投资收益的抵销，由于应付债券的账面价值与债权投资账面价值之间的差额，以及按实际利率法对各自确认的溢价或折价金额的差异，公司债券发行企业因该公司债券计算确认的实际利息费用（财务费用）与购买企业持有该公司债券计算确定的投资收益之间也存在着差额。在对其进行合并抵销处理时，应当将其差额转作财务费用处理。公司债券进行合并抵销处理时，按购买企业因持有该公司债券计算确定的投资收益的金额，借记“投资收益”项目方法，按发行企业因发行该证券而确认的实际利息费用（财务费用）的金额，贷记“财务费用”等项目方法，按两者之间的差额，借记或贷记“财务费用”项目。