对于内部交易的公司债券，在编制合并财务报表时，首先，公司债券和股票的区别应当将应付债券与债权投资项目的金额予以抵销；其次，对于分期付息、公司债券到期一次还本的公司债券，应将应付利息与应收利息项目的金额予以抵销；最后，将当期确认的实际利息费用（财务费用或在建工程）与持有该公司债券的投资收益予以抵销。在公司债券集团内部成员企业从集团外部第三者取得集团成员企业发行的公司债券的情况下，发行公司债券的企业其应付债券的金额与持有该公司债券企业的债权投资的金额不一致，公司债券两者之间存在着差额。这是因为持有该公司债券的企业购买取得该公司债券，对其进行会计处理时，按面值记入“债权投资——成本”科目，按支付价款与面值之间的差额记入“债权投资——利息调整”科目。

这一差额，实际上是原持有该公司债券的企业实现的损益，对于整个企业集团来说，则属于推定股票赎回损益。对于这一差额，在编制合并财务报表时应当通过合并抵销处理，公司债券将其转作财务费用处理。这一做法，实际上是将从外部购入内部公司债券股票支付价格高于原发行价格的差额在合并财务报表中计入当期合并损益。公司债券进行合并抵销处理时，按应付债券的金额，借记“应付债券”项目，按债权投资的金额，贷记“债权投资”项目，按两者之间的差额，借记或贷记“财务费用”项目。