从长远的发展目标来看，新三板市场定位我国的资本市场要构建起以主板市场、中小板和创业板所在的二级市场、新三板市场、区域性股权交易市场、新三板市场券商之间柜台交易市场等五个层次为主的多层次结构体系。各板块间是平等的分工合作关系，以层次高低来描述各个板块之间的关系并不准确。虽然不同资本市场在规模上有区别，但各个市场应该是一种平行并列的关系。设立不同的资本市场是为了满足不同估值和特点的企业的发展需要，因此每一个资本市场都有自己独特的市场定位，比如主板市场就是为大中型企业上市服务，而就目前而言，新三板位于第三层次，其市场定位是为非上市公众公司提供股权交易平台，从而形成一个高效便捷的企业融资平台。需要注意的是，在整个资本市场结构中，创业板和新三板在某些方面有很多相似之处，两者都服务于高成长型、创新型、科技型的中小企业，但是两者之间还是存在一些差别。

  如果将企业按照生命周期来划分，可以分为初创期、成长期和成熟期，新三板市场创业板更加侧重服务于那些成长后期，接近成熟期的中小企业，而新三板则针对初创后期有产品、有技术、有持续经营能力、有一定盈利模式，接近于成长初期的中小企业，注重企业的经营模式、新三板市场成长空间和发展前景。在进行市场定位的时候，一定要明确区分开来，不要混淆在一起。

  此外，随着新三板制度的不断完善，尤其是转板制度的引入，新三板市场帮助更多的企业实现了与IPO完全不同的道路上市。新三板成为了优质企业的孵化池，它可以为主板市场培育和提供更多优质的上市企业，并且完善了主板市场的退市机制。这也是新三板在发展过程中的一个重要定位。