在日本，除東京都發行的地方債券可以在證交所上市外，其他地方政府發行的公債都不在交易所上市，只許在證券公司的柜臺上進行交易。從債券募集與交易方式來看，日本地方政府債券基本上是以私募方式募集的，以公募方式募集的比較少，其交易基本上在柜臺市場進行，在地方公債交易所市場交易的比較少。從交易的性質來看，日本地方債券的發行帶有一定的財政轉移支付及互助性質，不完全是真正意義上的市場活動。只有占地方債券的30%～40%的以公募方式發行的大都市債券，以及以非公募方式發行、但通過證券公司買賣的地方政府債券的發行交易，屬于真正意義上的市場行為。日本是中央集權制國家，地方公債上級的法律或道義事權往往成為下級的當然事權，下級的債務不可避免地成為上級的或有債務，這樣，上級政府往往成為下級政府債務的實際最后承擔者，因而地方公債便存在雙重保證的償還機制。地方政府作為債券發行或擔保者是第一次、法律和制度的償還人，中央政府成為二次的、行政和道義上的償還人。

事實上，在日本的金融體系中，存在著金融集中機制，而地方政府債券市場的這種安排，實際上又形成了財政風險的集中機制。日本模式實際上具有集中金融風險和財政風險的機制安排，這地方公債導致了日本財政赤字一直居高不下，也正是在此基礎上形成了日本特有的“減債基金制度”。日本的減債基金制度是很典型的一項制度。減債基金又可稱為償債基金，其地方公債操作原理為：政府每年都必須從國庫中撥出一筆資金交由特定的機構管理，以專作公債償付之用。有時，政府也會在發行債券的時候以減債基金作為擔保，以此來提高公眾對政府的信任。早在明治時期的1880年，日本就開始實行減債基金制度。當時的資金主要來源于每年從一般會計中轉入的2 000萬日元。日本目前的減債基金制度基本上以國債整理基金（特別會計）為中心，地方公債即通過國債整理基金，來償還一般會計中所發行的國債，并由此籌措各年度所需支出。日本政府規定，減債基金可以通過3種方式從一般會計中獲得償債資金：（1）固定比率轉入，即提取上年初國債余額的1.6%的資金轉入特別會計；（2）將一般會計決算結余的一部分轉入國債整理基金，比例高低可根據具體情況確定，過去多為50%；（3）在年度預算中安排一定資金轉入整理基金。償債基金主要用于債券本金的償還，而利息則以每年財政的經常預算支付。減債基金制度無疑有利于地方公債的風險防范和償還機制的規范化，但由于減債基金很難保證不被國家財政所挪用，因此可否作為償債主要來源在理論界存在爭議。