中金所国债期货合约采用的交割方式为实物交割，这一点非常重要，因为交割方式实物交割制度是国债期货价格与现货价格存在相关性的基础，也是很多交易策略生效的前提条件。

中金所公布的交割细则规定，国债期货合约的交割可以分为两个阶段，即滚动交割和集中交割。交割方式合约进入交割月份后至最后交易日之前的这段时间为滚动交割阶段。交割方式滚动交割阶段目前采用空头举手规则，即空头主动提出交割申报后，中金所会寻找相匹配的多头方完成交割。而在国债期货上市初期，交割方式滚动交割阶段采用的是多空双方同时举手的交割规则，交割方式即多头和空头均提出交割意向才会配对交割。规则的修改会影响多空双方的交易行为。在最后交易日收市后，即进入了集中交割阶段。交割方式中金所会自动匹配多空双方的持仓进行交割配对，整个过程在连续三个交易日内完成，即第一、第二和第三交割日。第一交割日为申报交割信息和交券日，第二交割日为配对缴款日，第三交割日为收券日。