与一般企业不同，城投公司主要从事城市基础设施项目建设等公共事业类业务，公益性和非营利性特征明显。目前，城市基础设施项目可以划分为三种类型：一是经营性项目，即具有收费能力并可取得合理利润，并且具有还贷能力的项目。这类项目可通过市场进行有效配置，如市政收费道路和桥梁等。二是准经营性项目，城投公司即收费偏低、无法完全收回投资，难以完全靠自身积累自我发展的项目。这类项目附带部分公益性，要通过政府适当贴息或政策优惠维持运营，如供水、供气、教育产业化和轻轨系统等。三是非经营性项目，即产品或服务无偿提供和无回报的公益性项目，建设这类项目是为了获取社会效益和环境效益，市场调节难以对此起作用。

从整体上来看，中国城投公司普遍存在经营性资产不足和无形资产比重过大的问题。由于《中华人民共和国证券法》（中华人民共和国主席令第43号）第十六条规定企业累计债券余额不超过其净资产的40%，因此，很多地方政府为了让城投公司能够多筹集资金，便将大量的土地使用权等无形资产以及道路、桥梁等公益性资产注入城投公司，这虽然在城投公司很大程度上增强了城投公司的融资能力，但由于这类资产往往难以产生收入和经营性净现金流，从而导致了城投公司主营业务盈利能力偏弱，很多城投公司甚至根本就没有主营业务，收入主要来源于当地政府的财政补贴。

而另一方面，城投公司所承担的政府公益性建设项目大多投资量大、效益产出慢，且由于政府投入的城建资产运营权没有得到充分落实，往往引起城投公司融资功能不够完善，城投公司对外融资多以银行的长短期商业贷款等负债方式进行，导致银行贷款不断加重，利息支付压力很大。城投公司受这些因素影响，城投公司资金流转经常处于“借新债还旧债”的状态，偿债能力也受到影响，有的城投公司甚至出现当年资金流入不够偿还银行利息的情况，不得不用公司的有效资产填补缺口，城投公司加剧了有效资产不断缩水的风险，给城投公司主体的运作带来巨大的财务风险。另外，由于很多城投公司都是地方政府为融资需要临时搭建的，地方政府为了能多筹集资金，一般都会在发行前向城投公司注入各种资产，而为了能赶上发债的好时点，有些发行人在这些资产还没来得及完成变更手续时，即在发行资料中将其视为公司所有，这不仅造成了制度上的不规范，还导致了财务混乱甚至财务造假的现象，加大了城投债的风险。“09岳城建债”虚构子公司的情况就是城投公司财务混乱的一个典型例子。2009年5月6日，有媒体报道，“09岳城建债”的发行人湖南省岳阳市城市建设投资有限公司涉嫌虚构子公司，而涉嫌虚构的两个子公司的收入是发行人主营业务收入的主要来源。