與一般企業不同，城投公司主要從事城市基礎設施項目建設等公共事業類業務，公益性和非營利性特征明顯。目前，城市基礎設施項目可以劃分為三種類型：一是經營性項目，即具有收費能力并可取得合理利潤，并且具有還貸能力的項目。這類項目可通過市場進行有效配置，如市政收費道路和橋梁等。二是準經營性項目，城投公司即收費偏低、無法完全收回投資，難以完全靠自身積累自我發展的項目。這類項目附帶部分公益性，要通過政府適當貼息或政策優惠維持運營，如供水、供氣、教育產業化和輕軌系統等。三是非經營性項目，即產品或服務無償提供和無回報的公益性項目，建設這類項目是為了獲取社會效益和環境效益，市場調節難以對此起作用。

從整體上來看，中國城投公司普遍存在經營性資產不足和無形資產比重過大的問題。由于《中華人民共和國證券法》（中華人民共和國主席令第43號）第十六條規定企業累計債券余額不超過其凈資產的40%，因此，很多地方政府為了讓城投公司能夠多籌集資金，便將大量的土地使用權等無形資產以及道路、橋梁等公益性資產注入城投公司，這雖然在城投公司很大程度上增強了城投公司的融資能力，但由于這類資產往往難以產生收入和經營性凈現金流，從而導致了城投公司主營業務盈利能力偏弱，很多城投公司甚至根本就沒有主營業務，收入主要來源于當地政府的財政補貼。

而另一方面，城投公司所承擔的政府公益性建設項目大多投資量大、效益產出慢，且由于政府投入的城建資產運營權沒有得到充分落實，往往引起城投公司融資功能不夠完善，城投公司對外融資多以銀行的長短期商業貸款等負債方式進行，導致銀行貸款不斷加重，利息支付壓力很大。城投公司受這些因素影響，城投公司資金流轉經常處于“借新債還舊債”的狀態，償債能力也受到影響，有的城投公司甚至出現當年資金流入不夠償還銀行利息的情況，不得不用公司的有效資產填補缺口，城投公司加劇了有效資產不斷縮水的風險，給城投公司主體的運作帶來巨大的財務風險。另外，由于很多城投公司都是地方政府為融資需要臨時搭建的，地方政府為了能多籌集資金，一般都會在發行前向城投公司注入各種資產，而為了能趕上發債的好時點，有些發行人在這些資產還沒來得及完成變更手續時，即在發行資料中將其視為公司所有，這不僅造成了制度上的不規范，還導致了財務混亂甚至財務造假的現象，加大了城投債的風險。“09岳城建債”虛構子公司的情況就是城投公司財務混亂的一個典型例子。2009年5月6日，有媒體報道，“09岳城建債”的發行人湖南省岳陽市城市建設投資有限公司涉嫌虛構子公司，而涉嫌虛構的兩個子公司的收入是發行人主營業務收入的主要來源。