1993年党的十四届三中全会通过了《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，要求进一步深化财税体制改革，并明确规定：“分税制把先行地方财政包干制度改为合理规划中央和地方事权的基础上的分税制，建立中央税收和地方税收体系。”根据这一精神，1993年12月15日，国务院发布了《关于实行分税制财政管理体制的决定》（国发〔1993〕85号），决定从1994年1月1日起改革地方财政包干体制，对各省、自治区、直辖市以及计划单列市实行分税制财政管理体制。《中华人民共和国预算法》（中华人民共和国主席令〔1994〕第21号）自1995年1月1日起实施。1995年11月22日制定了《预算法实施条例》（中华人民共和国国务院令〔1995〕第186号），规定：中央和地方实行分税制，一级政府实行一级预算，整个国家实行五级预算，即中央、省、地、县和乡镇。

这次分税制改革的一个重要内容就是，中央政府和地方政府事权和支出的划分。中央财政主要承担国家安全、外交和中央国家机关运转所需经费，调整国民经济结构、协调地区发展、实施宏观调控所必需的支出，以及由中央直接管理的事业发展支出。地方财政主要承担本地区政府机关运转所需支出，以及本地区经济和事业发展所需支出，具体包括：地方行政管理费用、公检法支出、部分武警经费、民兵事业费、地方统筹的基本建设投资、地方企业的技术改造和新产品试制费、支农支出、城市维护和建设费用、地方文化、教育和卫生等各项事业费、分税制价格补贴支出以及其他支出等。

总之，这次财税体制改革主要是针对包干体制的弊端而提出来的，是新中国成立以来改革力度最大、范围最广、影响最深远的一次财税制度创新，是中国财政管理体制的一次重大调整。从分税制制度层面来看，1994年财税改革初步建立起分税制的财政体制。从实践来看，此次重大改革措施的基本导向是建立与社会主义市场体制内在要求相适应的财政管理体制，并且在分税制近年来的运行过程中显示出较为良好的效果，比如基本确立了分级财政管理体制的总体框架；确定了中央财政的主导地位；促进了资源优化配置和产业结构调整；促进了财政资金供给范围合理调整和财政支出结构优化；中央政府对地方政府间的转移支付制度改革初见成效等诸多方面。

虽然这次分税制改革取得了较为明显的成就，中央财政收入得到了很大的提高。但与此同时，地方财政占全国总财政收入的比例却在不断下降，2009年地方财政收入所占比例只有47.6%。同时，地方政府财政支出呈现明显上升的趋势，且1998年以来地方支出增长速度明显高于地方收入增长速度，分税制地方财政收支缺口不断扩大。2008年地方财政支出占全国财政支出总额的79.9%。也就是说，地方政府用47.6%的财政收入支撑了79.9%的财政支出，财政收支严重失衡，分税制导致了地方财政状况不断恶化，这就使得地方政府一方面依靠中央转移支付获得资金来源，另一方面不断通过其他途径，比如借款、土地融资以及通过设立城投公司在资本市场融资等获得资金，导分税制致了地方政府债务管理的无序化。