在二級市場上,國債期貨交易開始走向活躍,回購交易品種不斷增加，并促進了國債現貨市場的發展。但1995年由于我國對國債的監管不力,國債市場中的違規交易事件頻頻發生,該年5月,國債期貨交易被迫暫停。

 

  1996年是國債市場發展取得諸多突破的一年，1996年國債發行品種走向多樣化，對短期國債首次實行了貼現發行方式,并新增了最短期限的3個月國債,還首次發行了按年付息的1年期長期國債和7年期附息國債。該年.發行的國債以記賬式為主,逐步使國債走向無紙化。在二級市場上,中國人民銀行首次向14家商業銀行總行買進2.9億元面值的國債,使公開市場操作正式啟動。但1997年國債發行中以承購包銷方式發行占當年發行規模的82.87% ,以招標方式發行僅占15. 88% ,且國債品種減少,主要集中在2 ~5年期國債上,不可流通國債份額增大,占近70% ,國債二級市場的整體流動性下降。國債二級市場出現了銀行間債券市場與非銀行間債券市場相分離的變化。2001年在國債一級市場上，我國分別在銀行間市場和交易所市場發行了一期15年期和兩期20年期的長期國債,這是我國債券史上第一次發行真正意義上的長期國債,而且這些長期國債所采取的半年付息一次的利息支付方式也是與國際慣例接軌的做法。該年，國債二級市場引進了凈價交易機制，銀行間債券市場于2001年7月2日起正式實行了債券凈價交易。

 

  2002年4月份凈價交易在交易所的實施,價格和利息的分離促進了交易所市場的流動性和活躍性增強。緊接著進人銀行間市場成員實施備案制以及柜臺交易系統的出爐，表明國債利率市場化進程加快,此時銀行間市場的?與者結構發生變化，進人銀行間市場的門檻已降低,各類金融機構可以直接向中央國債公司和同業拆借中心申請辦理債券業務。同時,啟動國債柜臺交易,打通了中小企業和個人投資者進人債券市場的通道。2003年,在國債- -級市場上,國債發行創新步伐逐漸加快，價格招標、美國式招標等引人國債發行市場。2004年作為財政部品種創新的延續，旨在增強銀行間和交易所市場聯動性的跨市場國債的發行得到進一步加強,并且買斷式回購在交易所市場的正式推出,促進了債券市場做空機制的完善。