为了能够很好地评价区域科技创新与科技金融之间的耦合协调程度，必须遵循科学性、系统性、层次性、适应性、指标体系可操作性原则构建耦合协调度评价指标体系。

由区域科技创新与科技金融的耦合关系分析可知，科技创新能力与科技金融发展水平分别是两个子系统的综合序参量。指标体系按科技创新活动的时间逻辑顺序，科技创新能力包括研发资源配置水平与研发能力，同时技术扩散对科技创新全过程具有类似催化剂的重要推进作用。在计算综合科技创新能力时，对子指标采用方差最大化法计算确定权重。科技金融可分为公共科技金融与市场科技金融，市场科技金融进一步细分为商业银行、科技资本市场和风险投资，但由于我国目前尚未建立科技金融统计体系，统计口径、统计指标存在较大年度差异，故选择贷款余额与GDP比值作为科技金融发展水平的替代指标。