1984年，党的十二届三中全会提出《中共中央关于经济体制改革的决定》（简称《决定》），《决定》科技贷款提出要突破把计划与市场对立起来的传统观念，科技贷款充分认识社会主义计划经济须自觉依据和运用价值规律，商品经济是社会主义经济发展不可逾越的阶段等，标志着中国经济体制改革进入新阶段。随着科技贷款经济体制由计划经济向商品经济转型，中国金融体系也开始向市场化转变。1984年，国务院颁布《中华人民共和国银行管理暂行条例》，科技贷款规定了中国人民银行作为中央银行的职责和权限，对商业银行和非银行金融机构经营原则和经营范围等问题予以明确。在金融机构改革方面，成立中国工商银行以承担原本由中国人民银行办理的工商企业储蓄信贷业务，形成四大国有银行格局；1986年起，以交通银行股份制改革为开端，科技贷款陆续成立了一批商业性股份制银行；信托公司、财务公司、证券公司等非银行金融机构取得一定发展。

随着经济体制改革的深入，科技与经济相脱节的问题日益凸显，迫切需要进行科技体制改革以发挥科技人员的智慧和创造才能，科技贷款加快科技成果向现实生产力转化过程。1985年发布的《关于科学技术体制改革的决定》标志着科技体制改革全面启动，该文件指出，科技体制改革的主要内容包括改革拨款方式，发展技术市场，科技贷款克服单一依赖行政手段管理科技工作，在对国家重点项目实施计划管理的同时，充分利用市场手段使科技机构具有自我发展能力和活力。