党的十一届三中全会标志着改革开放和现代化建设的开端，也推动了科技体制改革的开展，中国科技金融进入计划体制下财政拨款阶段。在此期间，财政拨款1977年科学和教育工作座谈会和1978年全国科学大会意义重大。

在科学和教育工作座谈会上，邓小平同志指出：我们财政拨款国家要赶上世界先进水平，须要从科学和教育两方面着手，须要有一个机构，统一规划、统一协调、统一安排。在此之后，各地方开始对研究编制工作进行筹划。1978年的全国科学大会审议通过《1978—1985年全国科学技术发展规划纲要（草案）》，在此次大会上，财政拨款邓小平同志提出了“科学技术是生产力”、“四个现代化，关键是科学技术现代化”等论断。1982年，党的十二大报告强调科学技术在促进经济发展中具有重要作用，标志着中国历史上首次将科学技术列为国家经济社会发展的战略重点。

在当时的经济金融体制以及科技体制下，科技金融主要表现为行政计划式的财政拨款方式，这一体制深受前苏联科技发展体系的影响。该财政拨款体系实行企业、院所、高校科研相互独立，通过计划方式开展科技项目和转移科技成果。结合当时计划经济制度框架和国力有限的历史条件，这一科技体制能够在短期内集中科技人力物力资源开展科技创新活动。在这一体制下，科技金融主要通过财政科技拨款形式运作，依托行政系统安排对科学事业费、科技三项费用等进行分配下达。

随着经济体制改革的开展，中国开始以财政专项资金形式推进国家科技计划，使财政科技投入国家科技战略导向得到强化。1982年，中国以财政专项拨款的方式实施第一个国家科技计划“国家科技攻关计划”，该计划解决了国民经济社会发展过程中一批难度较高的技术问题，对国家科研能力的增强和技术基础的改善起到了积极作用。随后，依据科技和经济社会发展需要，结合科技活动实际情况，财政科技拨款区分不同规模以及不同类型形式分别安排国家自然科学基金、财政拨款“863”计划、火炬计划、科技型中小企业技术创新基金等科技计划。