交易系统是一整套交易计划、策略、方法。人工手动完全可以执行。如果把交易系统编成程序代码，通过股票交易系统电脑来执行，那么就是程序化交易。股票交易系统程序化交易是以系统交易为前提的。但并不是说交易系统一定要由电脑来自动执行。电脑可以代替人重复执行交易系统，股票交易系统电脑是比人工更有效率的执行方法而已。交易系统的程序化是系统化交易中的更高阶段。一般是比较专业的交易者或投资机构会用到程序化交易。

比如，期货中有一些短线交易系统可以非常频繁地以每秒几次的频率发出交易指令，这个速度就不是人脑和人工所能企及的了。但对于普通交易者来说，有些中长线交易系统可能会相隔很久才会发出交易信号，这就不一定需要自动交易了。使用电脑确实可以极大地改善交易系统运行效率，可以及时地将系统制作者的思想体现出来。而且，将交易系统放到电脑上，由电脑给出各个信号，这样的信号更加客观，可以促使交易者更好地执行交易系统，避免人为情绪的波动对投资产生影响。在股票交易系统交易系统建立好了以后，有能力的交易者可以尝试交易系统的程序化。