在額度控制機制方面，滬港通在交易中實行每日額度控制，在收盤后進行總額度控制。

關于每日額度控制，就是兩交易所證券交易服務公司在交易中對訂單進行監控，根據買賣訂單申報、訂單撤銷及成交結果等實時計算當日額度余額(其中，當日額度余額的初始值為每日額度值，即滬股通是130億元人民幣，港股通是105億元人民幣)。每日額度控制機制在不同的交易時段略有差異：在上交所集合競價階段（或聯交所開市前時段）內，當日額度余額用盡的，聯交所證券交易服務公司（或上交所證券交易服務公司）將暫停接受該時段后續的買單申報，僅接受賣單申報，此后，若在該時段結束前有買單申報撤銷導致當日額度余額大于零的，恢復接受后續的買單申報，直至額度再次用盡；在上交所連續競價階段（或聯交所持續交易時段）內，當日額度余額用盡的，聯交所證券交易服務公司（或上交所證券交易服務公司）將不再接受新的買單申報且當日不再恢復接受，而僅接受賣單申報。

關于總額度控制，在收盤后根據當日買賣成交凈額及上一交易日總額度使用情況計算出總額度余額(總額度余額的初始值為總額度，即滬股通是3000億元人民幣，港股通是2500億元人民幣)，如果總額度余額小于一個每日額度，那么下一交易日將暫停接受買單申報，但仍接受賣單申報；直至因有足夠賣單成交使該余額大于一個每日額度時，下一交易日恢復接受買單申報。

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